商標註冊乃是依商標法向智慧財產局申請，公司或商號名稱則是依公司法或商業登記法等相關法令，向經濟部商業司或各地方政府建設局登記，由於審查時並不互相檢索，因而時有商標名稱與其他公司或商號名稱相同之情形發生，針對此種情形如何應妥善處理，一直以來迭有爭議。

商標法第六十二條規定，於九十二年五月二十八日修正為：「未得商標權人同意，有下列情形之一者，視為侵害商標權：
一、明知為他人著名之註冊商標，而使用相同或近似之商標，或以該著名商標中之文字作為自己公 　司名稱、商號名稱、網域名稱或其他表彰營業主體或來源之標識，致減損著名商標之識別性或信譽者。
二、明知為他人之註冊商標，而以該商標中之文字作為自己公司名稱、商號名稱、網域名稱或其他表彰營業主體或來源之標識，致商品或服務相關購買人混淆誤認者。」

公司名稱、商號或網域名稱若相同於他人註冊在前之商標，只要有致相關購買人混淆誤認者，即屬對商標權之侵害；若為著名商標則保護範圍擴大到只要有減損著名商標之識別性或信譽者，即屬對商標權之侵害。依商標法第六十一條規定，商標權人對於有侵害商標權之行為得為必要之處置，惟須證明侵害人具有「明知」。所以今後若要申請設立公司，在公司名稱上，最好能先向智慧財產局預查是否有已註冊之商標與公司名稱同名，以免發生已申請設立核准登記之公司名稱侵害商標權而造成損失。如果公司名稱沒有與已註冊之商標衝突，在申請設立登記公司名稱後，最好能在向智慧財產局將公司名稱予以做商標註冊登記，才能獲得最大的保護。